生物显微镜用于观察和研究生物切片、生物细胞、细菌、活组织培养物、液体沉淀物等，以及其他透明或半透明物体、粉末、细颗粒等物体。它的日常使用离不开日常维护，包括：生物显微镜应放置在干燥、洁净的室内，避免光学部件发霉、金属部件生锈、灰尘等。

    使用显微镜后：请放回盒子（柜子）；用玻璃盖或塑料盖盖住它；放入干燥剂。

  生物显微镜不应与腐蚀性酸、还原性化学品或高挥发性化学品放在一起，以免腐蚀和缩短使用寿命。原则上，观察含有液体的试样时，一般需要盖上盖玻片。如果液体中含有酸、碱等腐蚀性化学物质，则盖玻片周围应用石蜡或凡士林密封后再观察。但这种试剂常用于中药的显微鉴定。不可能全部封印。因此，应特别注意防止液体流入载物台，不要接触物镜。

     请勿自行拆卸生物显微镜的组件。在镜筒上插入目镜或卸扣盖，以防止灰尘进入镜筒上部。请勿用手指触摸或擦拭镜头表面。

      生物显微镜不宜暴露在阳光直射下，也不宜放置在火炉或暖气附近，以免因冷热变化过大而造成镜片及机械部件脱胶、变形或损坏。

     清洁目标仅限于外表面。药物污染物体表面后，用少许镜子清洁液擦拭（不要使用酒精）。如果背面需要清洁，可用软毛刷擦拭或使用皮革吸头去除灰尘。